A Direção-Geral do Ensino Superior tem vindo a acompanhar a cooperação da União Europeia com países terceiros no âmbito do Ensino Superior, tanto ao nível das relações bilaterais como da cooperação inter-regional, incluindo a Política de Alargamento da UE.
No que concerne a cooperação inter-regional, destaca-se o acompanhamento dos seguintes fóruns e diálogos: Política Europeia de Vizinhança e Parcerias com os países do Leste (Parceria Oriental) e com os países do Sul (Parceria Euro-mediterrânica - Euromed/União para o Mediterrâneo), diálogo com os países asiáticos (ASEM), e a UE-CELAC que envolve os países da América Latina e Caraíbas.
A nível da cooperação bilateral a UE estabeleceu relações com a maior parte dos países do mundo e em grande parte existe uma componente do ensino superior que esta Direção-Geral acompanha. Neste contexto, salienta-se a cooperação com o Brasil no âmbito da qual Portugal coordena um projeto no quadro da Agenda Comum para a Migração e Mobilidade UE-Brasil que conta com a participação desta Direção-Geral.