A Escola Superior de Saúde Egas Moniz (ESSEM) foi criada pelo Decreto-Lei n.º 381/99 de 22 de Setembro, iniciando logo a sua actividade nesse ano lectivo (1999-2000), com a abertura de candidaturas nos seguintes bacharelatos: Curso Superior de Prótese Dentária, Curso Superior de Análises Clínicas e de Saúde Pública e Curso Superior de Cardiopneumologia.
Após o primeiro ano de leccionação, com a criação entretanto das licenciaturas bietápicas, os cursos passaram a ter esta denominação e o seu número foi alargado no ano lectivo de 2000-2001, acrescentando-se os seguintes: Audiologia, Fisioterapia, Ortóptica, Radiologia e Terapia da Fala. No ano lectivo subsequente, 2002-2003, abriu-se mais uma licenciatura bietápica, com a denominação de Anatomia Patológica, Citológica e Tanatológica.
Com a implementação do processo de Bolonha na ESSEM, verificada no ano lectivo de 2008-2009, todos estes cursos adoptaram a nomenclatura do referido processo, deixando de ser bi-etápicos para passarem a denominar-se de 1º Ciclo de Estudos do Ensino Superior Politécnico, na área das Tecnologias da Saúde, mantendo porém o nome inicial, referente às áreas de conhecimento que abordam.
Nos últimos cinco anos a oferta educativa da ESSEM ampliou-se para a área dos mestrados, tendo obtido aprovação superior e aberto dois destes cursos, o de “Biologia Molecular em Saúde”, aprovado a 2 de Janeiro de 2009, e que se mantém em funcionamento, e o de “Envelhecimento - promoção da saúde e prevenção da doença”, aprovado a 10 de Novembro de 2009, do qual houve apenas uma edição, estando presentemente encerrado.
Paralelamente, não só se assistiu ao desenvolvimento das instalações e equipamentos que acompanharam a já referida evolução da oferta educativa, e correspondente procura, demonstrada no aumento considerável do número de alunos (de 60, em 1999-2000, passou a 1300 na actualidade), como também se deram alterações importantes do ponto de vista estrutural, onde se destaca, a aprovação dos estatutos e constituição dos respectivos órgãos da Escola no decurso do ano lectivo de 2004-2005, a constituição da Associação de Estudantes, dotada de instalações próprias, as parcerias e protocolos de colaboração celebrados com diversas instituições ligadas à saúde (hospitais, laboratórios, institutos, etc.), etc.
Entretanto, foi-se afirmando o prestígio da ESSEM, resultado da preparação demonstrada pelos seus estagiários nas várias instituições que frequentavam, e também pela dos seus graduados ao inserirem-se e actuarem no respectivo mercado de trabalho. Esse prestígio, viu-se confirmado pelas diferentes inspecções a que a Escola tem vindo a ser submetida ao longo dos anos.
Atualmente, a ESSEM desfruta de um lugar de destaque no panorama português do ensino das Tecnologias da Saúde, dispondo de um Sistema de Gestão da Qualidade de acordo com a Norma Europeia (NP ISO 9001:2015), devidamente certificado.